Teenistuskäik:
1998 - 2006 Tartu Ülikooli rektor
1996 – 1998 Tartu Ülikooli eksperimentaalfüüsika ja tehnoloogia instituudi juhataja
1996 – 1996 haridusminister
1995 – 1995 kultuuri-ja haridusminister
1992 – 1995 Tartu Ülikooli esimene prorektor
1995 Tartu Ülikooli eksperimentaalfüüsika ja tehnoloogia instituudi juhataja kt
1992 Tartu Ülikooli optika ja spektroskoopia professor
1976 -1992 TA Füüsika Instituudi noorem-, vanem- ja juhtteadur

Enesetäiendamine välisriikides:
1991, 1994, 2001 Pariisi VII ülikool
1991 Osaka ülikool
1987-1988, 1989 Max Plancki Tahkiseuuringute Instituut, Stuttgart
1981 Novosibirski Soojusfüüsika Instituut
Osalenud enam kui 100 konverentsil 23 välisriigis

Teadusorganisatsiooniline ja –administratiivne tegevus:
Eesti Rektorite Nõukogu esimees
Euroopa Ülikoolide Assotsiatsiooni juhatuse liige
Vabariigi Presidendi Akadeemilise Nõukogu liige
Eesti Teadus- ja Arendusnõukogu liige
Eesti Informaatikanõukogu liige
Eesti Infotehnoloogia SA nõukogu liige
Eesti Füüsika Seltsi liige
Ameerika Füüsika Ühingu liige
Ameerika Optika Ühingu liige
Euroopa Füüsikaühingu liige

Juhendamisel kaitstud väitekirjad:
Tõnu Reinot (PhD, 1993), Ilmar Kink (magister, 1994), Indrek Reimand (PhD, 2000

Publikatsioonid:
Üle 100 teadusartikli ja üle 80 publitsistliku artikli aastatel 1976-2002

sh viimaste aastate olulisemad teaduspublikatsioonid:

• J. Aaviksoo, C. Gourdon, R. Grousson, P. Lavallard, "Photoluminescence quantum yield in GaAs/AlAs superlattices", Solid State Electronics (vol. 40, no 1-8, p. 687, 1996);
• J. Aaviksoo, C. Gourdon, P. Lavallard, "Power nonlinearities in the luminescence spectrum of GaAs/AlAs superlattices", Solid State Communications (vol. 99, no 6, p. 387, 1996);
• S. O. Kognovitskii, V. V. Travnikov, J. Aaviksoo, I. Reimand, "Light Scattering by electrons in the absorption region of GaAs" - Phys. Solid State (vol. 39, no. 6, p. 907, 1997);
• I. Reimand, J. Aaviksoo, "Exciton interaction with hot electrons in GaAs", Technical digest of X International Conference on Ultrafast Phenomena in Spectroscopy, (Tartu, 1997, p. 82);
• J. Aaviksoo, "Estonian physicist: Active and productive", Science (vol. 275, no 5299, p. 463);
• J. Aaviksoo. Priorities for Higher Education in Central and Eastern European Countries. - Higher Education Management (vol. 9, no. 2, p. 19, 1997).
• I. Reimand, J. Aaviksoo, "Exciton interaction with hot electrons in GaAs", Phys. Rev. B 61, 2000, no 24, p 16653-16658