Balti kaitsekoostöö oma praeguses mitmekesises ja pidevas vormis sündis esialgu vajadusest muuta kolme riigi kaitsestruktuurid NATO riikide struktuuridega koostöövõimelisemaks.

Samas ei kahanenud kolme Balti riigi kaitsekoostöö pärast eesmärgi – NATOga liitumise – täitumist, vaid vastupidi, see on liitumise järel kasvanud ja seda paljuski tänu äratundmisele, et ühiste huvide ja eesmärkidega väikesed riigid suudavad teha koos rohkem kui igaüks eraldi. Nüüd tehakse kaitsekoostööd nii kõigi kolme väeliigi tasemel kui ka sõjalise kõrghariduse andmiseks.

Õhuvägede koostöö

Balti riikide õhuvägede koostöö toimib 24 tundi ööpäevas ja 365 päeva aastas – ühise õhuseiresüsteemi (BALTNET) raames mehitatakse koos Balti õhuruumi juhtimiskeskust Leedus Karmelavas, kus hoitakse pidevalt silma peal kõigi kolme riigi õhuruumil ja juhitakse NATO õhuturvet tegevaid liitlasriikide hävitajad. Ühise juhtimiskeskuse mehitamine on kolme riigi koostöös säästlikum ja NATO õhuturbemissiooni vaatepunktist lihtsam, kui igal riigil oma õhuruumi ise eraldi kontrollida.
 

Merevägede koostöö

Miinitõrjele spetsialiseerunud Balti riikide merevägede koostöö on alates 1998. aastast toimunud peaasjalikult ühise miinitõrjeüksuse (BALTRON) raames, mis ühelt poolt on aidanud kõikide riikide merevägedel saada koostöövõimelisemaks NATOga ja teiselt poolt puhastada ühiselt Läänemerd selles leiduvatest arvukatest I ja II Maailmasõja lõhkekehadest. NATOga liitumise järel on BALTRON muutunud ennekõike vahendiks, mille kaudu osaleda ühiselt mitmesugustel õppustel Läänemerel.
 

Maavägede koostöö

Kui Balti riigid maavägede koostööga 1994. aastal alustasid, oli eesmärgiks viia kolme riigi kaitseväelased üheskoos rahuvalveoperatsioonidele – siht, mis nüüdseks on väga kaugele edasi arenenud, sest on jõutud punkti, kus 2010. aasta esimesel poolel osaletakse ühise pataljoniga (BALTBAT) NATO reageerimisjõudude 14. rotatsioonis. Balti kaitseministrid on otsustanud, et kõrge hinnangu saanud koostöö Balti riikide maavägede vahel jätkub ka tulevikus.

Sõjaline kõrgharidus

1999. aastal asutatud Tartus paiknev Balti Kaitsekolledž (BALTDEFCOL) on Balti riikide ühine sõjalise kõrghariduse kolmanda astme staabikolledž vanemstaabiohvitseride koolitamiseks. Praeguseks on Balti Kaitsekolledžist saanud ainulaadne õppeasutus terves NATOs, sest kolledž pakub sisuliselt ainsana rahvusvahelises keskkonnas tunnustatud ingliskeelset sõjalise kõrghariduse kolmanda astme õpet. Lisaks Balti riikidele saadavad oma õppejõude ja õppureid kolledžisse mitmed teisedki riigid. Peale vanemstaabiohvitseride kursuste pakub kolledž ka kõrgemaid juhtimiskursusi ning tsiviilteenistujatele mõeldud kursust.