История оборонной промышленности Эстонии начинается со времен первой независимости, когда было основано государственное предприятие Arsenal, которое занималось, в основном, производством и ремонтом вооружения. В 1994 году было принято решение предприятие восстановить, но на этот раз под наименованием E-Arsenal.

В феврале 2009 года был основан объединяющий эстонские предприятия Союз оборонной промышленности Эстонии. В целях развития оборонно-промышленного потенциала Эстонии Министерство обороны и Союз оборонной промышленности Эстонии подписали весной 2009 года меморандум о сотрудничестве, в рамках которого запланирована дальнейшая деятельность, в т.ч. планирование компенсационных закупок, международное сотрудничество оборонного направления и пр.

Косвенно с оборонной промышленностью связаны и т.н. декларации о соответствии, которые Министерство обороны выдает эстонским предприятиям, желающим принять участие в международных тендерах НАТО.
Министерство обороны представляет Эстонию на многих связанных с оборонной промышленностью рабочих встречах НАТО и Европейского оборонного агентства.

Эстония присоединилась и к нескольким инициативам Европейского оборонного агентства. Важнейшая из них – электронная доска объявлений тендеров в области обороны, через которую заинтересованные предприятия получают информацию о запланированных Европейским Союзом тендерах в области обороны и могут найти партнеров по субподряду.